在我們心智思考功能逐漸自動發展的時候，總會有些問題發生，這使得「思考」這種功能時常發生障礙或者是不當的消耗，諸如內心衝突掙扎、想不開、難過、痛苦、忽喜忽悲、煩惱、胡思亂想、幻想、幻聽、幻覺…最後甚至精神崩潰或危害自己與他人性命安全。所以要恢復思考功能的正常運作是完成人生的意義或目的必要過程，因為「思考」這種工具，是我們現在唯一可使覺知提升的最強工具，沒有這項工具我們無法去實行，獲得此生需求感受的目的。
思考功能發展時會發生問題的原因其實只有一個，因為我們「無法選擇」發展的基礎。思考發展的基礎是「感覺」這種東西，也就是說，我們思考中的那些情緒、記憶、比較、分析、歸納、推論的能力是從獲得感覺後漸漸地隨著物質生物身體而發展出來的功能，所以選擇以什麼樣的感覺作為發展思考的基礎，就是思考功能能否正常運作的關鍵了。一般來說，「感覺」分為兩種，一種是來自內心(真我)所產生的「真實感覺」，另外一種則是腦部的生理運作所產生的「虛擬感覺」。而之所以「無法選擇」我們要以哪一種感覺來發展思考，是因為我們並沒有辨識這兩種感覺的能力，這就好比，當有人的近視一千度而不戴眼鏡時，便無法分辨眼前的那個人是男人或女人，只知道是一個人。這就是無法選擇的原因，因為我們的覺知沒這種能力。所以出現的狀況是混亂，因為同樣的訊息產生的真實感覺與虛擬感覺可能是完全不同的結果，虛擬感覺是由過去得到的經驗紀錄在腦中，經過腦部運算功能而反射出來的一種結果，是隨著每個人從小到大所接觸的人事物而改變的，這些虛擬的感覺會扭曲現在所發生的事實，所以任何事情發生時，這兩種感覺有可能交錯或同時出現，於是我們會同時出現兩個甚至兩個以上的衝突且矛盾的感覺，以一個唯一的「我」、唯一的「覺知」來說，那是不可能發生的。如果我們一次覺知到出現很多種衝突的感覺，那麼這些有可能全部都是虛擬的，要不然就是只有一個是真實的。
不過我們絕大多數的人沒有辨識感覺類別的能力，這也是自然而然的事，因為我們來到這個世界感覺這一切周遭的目的，也不過就是要獲得這種辨識能力，來提高覺知的敏銳度，這也沒什麼好懊惱或自責的，我們此生本來就是要來作這件事的。
要獲得這種辨識能力本來就不太容易，否則我們不會花這麼多時間來作這件事。所以我們得要耗費很大的能量去「重建」我們目前所擁有的，那些建築在混亂感覺之上的思考能力。「重建」的方式也有很多種，有人的建議是「拆除重建」，就是整個摧毀所有的想法、規則、觀念、感覺…那些腦中現有的東西，這種方式連「感覺」都不能相信，因為在我們尚未有「辨識能力」之前，乾脆一概否認，免生枝節。一般禪宗用的是這種方法，比較激烈，這種方法會產生一段或長或短、完全沒有感覺的空虛感深淵，一般形容為「靈魂暗夜」。還有另一種「逐步檢修」的方法，意思是說，認真「專注」的觀察每一個覺知到的想法與感覺，從一個又一個出現的感覺與想法中去徹底檢查與感受，這個想法的基礎是發自於哪一種感覺的，成道大師們比較建議這種方法。通常我們比較常聽到的方式是「轉念」，轉念是屬於「逐步檢修」的方式，但是轉念的過程亦必須透過獲得真實感覺的實際內在過程，如果只是在思考上「相信」了什麼宗教、經典、上師的說法，那在思考基礎上(也就是真實感覺)還是一樣的虛擬感覺所建造出來的思想，這種轉念，其實在根本的心智結構上，並沒有任何改變，也就是說，念頭轉來轉去，只是表象而已，是以一個想法催眠其他想法，對於覺知敏感度的增加沒有任何幫助，不管那些說法是什麼創造實相還是自我安排的化約論，也不管那些念頭是所的善心、正念、慈悲、智慧、正義或是罪惡、無良…不過只要是有效的方法，每個人都可以找到適合自己的方法，並沒有說哪一種就特別有效，這是因人而異的。不過要進行這兩種方式的先決要件是「否定」，必須先在思考中否定自己的想法與感覺，也就是以另一個想法來否定感覺與想法，沒有在內心「否定」這些感覺與想法為前提，就沒有機會徹底檢查每個感覺與想法，而分辨能力也難以增加。
當然要否定自己所感覺到的那想法與感覺是很不容易的，因為我們頭腦的思考功能一定得先按照「肯定」生理感官的感覺，來發展思考功能的過程，否則我們可能連身體存活運作的能力都沒有，更談上不什麼覺知增加的機會。所以我們本身就一定會有肯定自己生理感官感覺的思考模式，這是與生俱來的，我們得認清哪些屬於生理所引發的思考模式，才能清楚的知道，該否定哪些感覺與想法。簡單的說，那些來自生理功能的需求感覺(吃喝睡…)並不是我們要否定的對象，比如說，飢餓感驅使我們產生尋找食物的過程，我們不必去否定飢餓感，而是要先否定我們尋找食物的過程，然後檢查對於每一個食物產生的想法與感覺，再檢查每個食物對周遭環境所產生的各種影響，重新建構我們對於「吃」這件事的思考方式。
所以調整思考功能是一種在每個人內心各自的「否定之旅」，只要思考功能恢復正常運作，我們就不會因為「空虛感」升起的恐懼、害怕、憤怒、哀傷、嫉妒、羨慕、各種過度的欲望…無益於覺知改變的種種消耗作為，這世界自然就會變得和平且和諧的，因為以混亂感覺為基礎的內在思考能力，肯定就是造成外在世界混亂衝突的唯一原因。
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